Σπάνια οικοσυστήματα
Ο προικισμένος αυτός τόπος, εκτός των άλλων, κρύβει και μια μεγάλη ποικιλία από ανεκτίμητα οικοσυστήματα. Τα ηφαιστειακά τοπία της, οι γεμάτοι με αποδημητικά πουλιά υδροβιότοποι, οι πολύ μακριά από τη θάλασσα αμμοθίνες, τα πλούσια σε θηράματα και ενδημικά είδη φυτών βοσκοτόπια και οι
καταρράχτες της, αποκαλύπτουν μια εκλεκτή ομορφιά και μοναδικότητα.
Yγρότοποι: πόλος έλξης για εναλλακτικό τουρισμό
Τα τελευταία χρόνια, επιστήμονες της περιβαλλοντολογικής οργάνωσης WWF HELLAS (Παγκόσμιο Ταμείο για τη Φύση) με έκπληξη κατέγραψαν στη Λήμνο όχι μόνο τους μεγαλύτερους σε έκταση υγρότοπους της Μεσογείου, αλλά και τους καλύτερα διατηρημένους.
Δεκατρείς καταγεγραμμένοι υγρότοποι καλύπτουν το 2,62% των εδαφών της και την κατατάσσουν στους σημαντικότερους και μεγαλύτερους σε μεσογειακό επίπεδο. Η ύπαρξή τους, έχει μεγάλη σημασία για τη διατήρηση και την ποικιλία της ζωής στο Αιγαίο.

- Oι σημαντικότεροι υγρότοποι του νησιού
Είναι το σύμπλεγμα των λιμνών Αλυκής, Χορταρόλιμνης και Ασπρολίμνης, που καλύπτει έκταση 14.000 στρεμμάτων περίπου και εντάσσεται στο δίκτυο NATURA 2000. Στην περιοχή έρχονται πάρα πολλά μεταναστευτικά πουλιά, έχουν καταγραφεί μέχρι και 4.000, για τη διαχείμασή τους. Σημαντικός υγροβιότοπος είναι και ο ιστορικός κόλπος του Μούδρου. Τόσο το μέγεθος όσο και η θέση του, δημιουργούν το τέλειο περιβάλλον για τη διατήρηση πλούσιας ιχθυοπανίδας και οστρακοπανίδας.
Ασπρολίμνη
Βρίσκεται ανάμεσα στην Αλυκή και τη Χορταρόλιμνη, χαρακτηρίζεται από υψηλή περιεκτικότητα αλατιού και έχει έκταση 500 στρεμμάτων. Το καλοκαίρι ξεραίνεται. Oι δυο λίμνες του νησιού κατακλύζονται από αγριόχηνες, αγριόπαπιες, αγριόκυκνους, ερωδιούς, αλκυόνες, χαλκόκοτες, πελεκάνους, γλάρους, γλαρόνια, βουτηχτάρες, νερόκοτες και πυκνά σμήνη από ροζ φλαμίνγκο.
Αλυκή
Η λίμνη αυτή βρίσκεται στην περιοχή του χωριού Κοντοπούλι, η έκτασή της ξεπερνά τα 6.300 στρέμματα, είναι αλμυρή και επικοινωνεί με τη θάλασσα μέσω μιας μικρής διώρυγας. Το χειμώνα γεμίζει με θαλασσινό νερό, που εξατμίζεται το καλοκαίρι, αφήνοντας πίσω του αλάτι άριστης ποιότητας.
Του Παλαιού Πεδινού & της Νέας Κούταλης
Αβαθείς αλμυροί βάλτοι και άλλοι υγρότοποι, που σχηματίζονται από τα νερά της βροχής στο Διαπόρι και στην παραλία του Θάνους, αποτελούν κάποια από τα μαγικά τοπία του νησιού. Οι περιοχές αυτές φαίνονται φτωχές σε βλάστηση, φιλοξενούν, ωστόσο, πολλά απειλούμενα είδη, καθώς παρόμοιοι οικότοποι, σε διεθνές επίπεδο, έχουν εξαφανιστεί.
Χορταρόλιμνη
Είναι μια υφάλμυρη λίμνη, έκτασης 2.300 στρεμμάτων, που βρίσκεται στη διοικητική περιφέρεια του χωριού Καλλιόπη. Το καλοκαίρι είναι εντελώς στεγνή, αλλά τις υπόλοιπες εποχές μοιάζει σαν γαλάζια ζωγραφιά σε πράσινο φόντο, με εκατοντάδες κελαηδήματα από ερωδιούς, καστανόπαπιες, καλαμοκανάδες και αβοκέτες, που δίνουν το δικό τους αγώνα για επιβίωση.

Στο νησί ζουν, απ’ άκρη σ’ άκρη, χιλιάδες αγριοκούνελα, που μάλιστα προκαλούν τεράστιες ζημιές στους αμπελουργούς, που συνεχώς ζητούν από την πολιτεία να πάρει μέτρα για τον περιορισμό του υπερπληθυσμού τους. Εκείνο όμως που έχει κάνει τη Λήμνο διάσημη στους «ενδιαφερόμενους», είναι οι μεγάλοι πληθυσμοί νησιώτικης πέρδικας (alectoris chukar) η διατήρηση των οποίων παρά το (ελεγχόμενο αυστηρά) κυνήγι, οφείλεται στο ότι υπάρχουν ακόμα μεγάλες καλλιεργημένες εκτάσεις και έλλειψη των λεγόμενων επιβλαβών (αλεπού, κουνάβι) που καθιστούν τη Λήμνο ένα τεράστιο «φυσικό εκτροφείο» για την πέρδικα. Τα τελευταία χρόνια όμως, το ενδιαφέρον συγκεντρώνουν οι «κάτοικοι» των υγρότοπων
Φοινικόπτερο: το ροζ φλαμίνγκο
Ένα εξωτικό ροδόχρωμο πτηνό, που χρησιμοποιεί το ιδιόμορφο ράμφος του σαν σουρωτήρι και ταΐζει τα μικρά του με ένα υγρό που μοιάζει με γάλα. Αφουγκράσου το πέταγμά τους και θαύμασε τις μεγάλες ροζ φτερούγες, τα ψηλά πόδια, το ανάστημα, το μακρύ λαιμό και το ιδιαίτερο σχήμα του κεφαλιού τους. Θεωρούνται οι ομορφότεροι και οι πλέον επιβλητικοί «επισκέπτες» της Λήμνου, στους φιλόξενους υγρότοπους της οποίας αναζητούν καταφύγιο κάθε χρόνο.
Κιρκινέζι
Μικρόσωμο γεράκι, που δεν φοβάται τον άνθρωπο και κινδυνεύει να πληρώσει το τίμημα με εξαφάνιση. Έρχεται στη Λήμνο την άνοιξη και προς το τέλος Αυγούστου πετά ως τα νότια της Σαχάρας, για να ξεχειμωνιάσει.
Καστανόπαπια
Μια πάπια που μοιάζει με χήνα. Έρχεται από την Ασία και είναι είδος υπό εξαφάνιση.